Stigmata tarkoittaa "haavoja, joita voidaan verrata ristiinnaulitun Jeesuksen haavoihin", ja tietysti nämä haavat sisältyvät elokuvaan. Patricia Arquette joutuu pahojen voimien alaiseksi ja hänen ruumiissaan on stigmata-haavoja. Isä Andrew lähetetään tutkimaan salaperäisiä tapahtumia, ja tajuaa pian, että kyse on elämästä ja kuolemasta.
