År 2258 är det tio år efter Earth-Minbari-kriget. Befälhavare Sinclair tar kommandot över en gigantisk fem mil lång cylindrisk rymdstation som kretsar kring en planet i neutralt utrymme. Vid en korsning av interstellär handel och diplomati måste Cmdr Sinclair (2: a säsongens kapten Sheridan) försöka skapa fred och välstånd mellan olika interstellära imperier, samtidigt som de kämpar styrkor från Earth Alliance. Det är ett otryggt kommando, särskilt med tanke på att sabotage ledde till att Babylons stationer 1, 2 och 3 och 4 förstördes utan spår.