Kaupunki tarvitsee sankareita. Pimeys on laskeutunut kaupungin ylle. Shredder ja hänen paha Foot-klaaninsa ovat kiristäneet otettaan poliisista ja poliitikoista. Tulevaisuus näyttää synkältä, kunnes neljä hyljeksittyä veljestä nousee viemäreistä ja löytää kohtalonsa Teenage Mutant Ninja Turtles -ninjakilpikonnina. Yhdessä pelottoman reportteri April O'Neilin (Megan Fox) ja hänen jatkuvasti vitsailevan valokuvaajansa Vern Fenwickin (Will Arnett) kanssa kilpikonnien on pelastettava kaupunki Silppurin pirullisilta suunnitelmilta.
