Kymmenen vuotta on kulunut simpanssin Caesarin johti mellakka "Monkey Planet: (r) evolution". Nyt hän johtaa kasvava ryhmä geneettisesti kehittämä apinoita uhkaa muutamia ihmisiä, jotka selvisivät tappavan viruksen puhkeamisen. Huolimatta yrityksistä elävät rinnakkain kuin puhkeaa, joka saa päättää, mikä rotu, jotka hallitsevat maan päällä.
